Auto-entrepreneur : comment être indemnisé en arrêt maladie ?
Audrey Roy est diplômée d'un master II en droit de l'entreprise.
En bref :
- un micro-entrepreneur peut percevoir des indemnités journalières en cas d’arrêt maladie, sous certaines conditions ;
- le droit aux indemnités dépend notamment de la durée d’affiliation, du revenu déclaré et du montant versé pour les cotisations sociales ;
- le montant et la durée de l’indemnisation varient selon la situation du micro-entrepreneur ;
- les démarches spécifiques doivent être effectuées auprès de l’Assurance maladie pour être indemnisé.
Tout savoir sur l'arrêt maladie des auto-entrepreneurs
Les auto-entrepreneurs bénéficiaires de l'arrêt maladie
De nombreuses incertitudes demeurent concernant les réels droits des auto-entrepreneurs à bénéficier d’un arrêt maladie indemnisé. Pour répondre sans détour : oui les auto-entrepreneurs bénéficient du versement d’indemnités journalières (IJ) en cas d’arrêt maladie. En effet, ces derniers cotisent pour cela, au moment de payer les cotisations sociales à l’URSSAF.
Un délai de carence de 3 jours est appliqué avant de percevoir les indemnités journalières, soit à partir du 4e jour d’arrêt.
Le micro-entrepreneur dispose d’un délai de 48 heures pour faire parvenir son arrêt de travail à la CPAM auquel il est rattaché afin de percevoir ses indemnités journalières.
Attention
Les cotisations sociales payées par les micro-entrepreneurs n’intègrent pas les accidents du travail et les maladies professionnelles (AT/MP). Par conséquent, un micro-entrepreneur qui n’a pas souscrit de sa propre initiative une assurance volontaire individuelle pour ces risques ne bénéficiera pas du versement d’indemnités journalières à ce titre. Seuls les frais de santé aux taux et aux conditions habituelles seront pris en charge.
Conditions pour bénéficier de l'arrêt maladie
Pour bénéficier du versement d’indemnités journalières en cas d’arrêt maladie, un micro-entrepreneur - qu'il soit affilié à la SSI ou à la CIPAV - doit :
justifier de 12 mois minimum d’affiliation continue au titre de cette activité (article D622-1 du Code de la sécurité sociale) ;
avoir un revenu annuel moyen supérieur à 4 582 € sur les 3 dernières années d’activité (10% de la moyenne des valeurs annuelles du PASS) en 2026, dans le cas contraire le montant des IJ est nul sauf si le micro-entrepreneur paie une cotisation minimale d’indemnité journalière ;
être à jour dans le paiement de ses cotisations sociales ;
être dans l’incapacité temporaire de continuer ou de reprendre une activité professionnelle pour cause de maladie (article D622-3 du Code de la sécurité sociale) ;
justifier d’un arrêt de travail prescrit par un médecin et attestant de cette incapacité temporaire d’exercer une activité professionnelle due à une maladie ;
cesser son activité durant l’arrêt de travail.
Des contrôles inopinés peuvent être effectués afin de vérifier que le micro-entrepreneur en arrêt satisfait ces conditions.
Si vous ne remplissez pas l'ensemble de ces conditions, n'hésitez pas à contacter votre CPAM. Vous pouvez possiblement bénéficier d'un maintien de droits à la protection sociale au titre d'une précédente activité professionnelle.
Bon à savoir
Si vous êtes auto-entrepreneur et que vous ne pouvez pas justifier d’une durée de 12 mois d’affiliation au titre de cette activité pour être indemnisé, vous pouvez demander sous conditions à bénéficier de vos droits au titre de votre activité précédente. Pour en savoir plus, renseignez-vous auprès de la CPAM auquel vous êtes rattaché.
Comment s'effectue le versement des IJ pour les micro-entrepreneurs ?
Les conditions de versement des IJ pour un micro-entrepreneur dépendent du régime auquel ce dernier est affilié.
Un micro-entrepreneur ayant créé son entreprise après le 1er janvier 2018 est automatiquement rattaché au régime général de la sécurité sociale.
Un micro-entrepreneur libéral ayant créé son entreprise avant le 1er janvier 2018 et n’ayant pas demandé son transfert vers le régime général est rattaché à la Cipav.
Délai de carence
Un délai de carence de 3 jours est appliqué, quel que soit le régime auquel est affilié le micro-entrepreneur. Autrement dit, un micro-entrepreneur en arrêt maladie est indemnisé qu’à partir du 4e jour d’arrêt.
Exemple : Un micro-entrepreneur est en arrêt maladie du lundi 3 juin au dimanche 9 juin inclus, soit 7 jours d’arrêt. Les 3 premiers jours (lundi, mardi et mercredi) correspondent au délai de carence et ne sont pas indemnisés. L’Assurance maladie commence donc à verser des indemnités journalières à partir du jeudi 6 juin, soit le 4e jour d’arrêt. Dans cet exemple, le micro-entrepreneur percevra des indemnités pour 4 jours (du jeudi au dimanche).
De même, aucune indemnité journalière n’est versée pour les arrêts maladie de moins de 7 jours, exception faite en cas d’hospitalisation.
À noter
Un arrêt maladie prescrit ou renouvelé en téléconsultation ne peut dépasser une durée de 3 jours. Au-delà de cette durée, l’arrêt maladie ne permet pas de percevoir des IJ, sauf si ce dernier a été effectué par le médecin traitant, son remplaçant ou la sage-femme référente du micro-entrepreneur. De même, le micro-entrepreneur peut justifier d’une impossibilité de consulter en présentiel un médecin pour le renouvellement d’un arrêt maladie en téléconsultation afin de continuer à percevoir ses IJ.
CIPAV et régime général : durée des IJ
La durée de versement des IJ en micro-entreprise diffère selon si le micro-entrepreneur est affilié au régime général ou à la Cipav.
| Régime | Durée d’indemnisation |
|---|---|
| Régime général | 360 jours en cas d’arrêt maladie et 90 jours en cas de temps partiel thérapeutique sur une période glissante de 3 ans pour une ou plusieurs maladies |
| Cipav | 90 jours dont 3 jours de carence, soit 87 jours indemnisés |
De même, un micro-entrepreneur affilié au régime général peut bénéficier d’une durée d’indemnisation pouvant s’étendre jusqu’à 3 ans lorsque ce dernier est touché par une affection de longue durée (ALD) ou bénéficie de soins de longue durée (SLD). Si ce dernier travaille à mi-temps, la durée d’indemnisation est réduite à 270 jours sur une période glissante de 4 années.
Pour les micro-entrepreneurs à la Cipav avec un arrêt de travail supérieur à 3 mois, la règle de base reste une durée d’indemnisation de 87 jours maximum. Certaines caisses de prévoyance prévoient une indemnisation longue durée à 91e jour d’arrêt, mais il ne s’agit pas d’une généralité.
Comment calculer le montant des IJ pour les auto-entrepreneurs ?
Le montant des IJ est calculé en prenant en considération le revenu d’activité annuel moyen (RAAM) du micro-entrepreneur ainsi que la nature de son activité.
RAAM : calcul du revenu annuel moyen
Le RAAM correspond au chiffre d’affaires annuel du micro-entrepreneur durant les 3 dernières années civiles d’activité après application de l’abattement forfaitaire fiscal.
Ainsi, le RAAM 2026 d’un micro-entrepreneur correspond à la moyenne des CA des 3 dernières années après application d’un abattement forfaitaire de :
- 71 % pour une activité commerciale ;
- 50 % pour une activité artisanale ;
- 34 % pour une activité libérale.
Calcul des IJ auto-entrepreneurs
Le calcul des IJ pour un auto-entrepreneur (article D622-7 du Code de la sécurité sociale) est le suivant : 1/730 X RAAM. Autrement dit, il s’agit de diviser le RAAM par 730.
En outre, les IJ sont plafonnées. Le montant maximum des IJ au régime général est égal à 1/730 du plafond de la sécurité sociale (PASS), c’est-à-dire 48 060 € en 2026 soit 65,84 € par jour. À la Cipav, les IJ sont plafonnées à 197,50 €/jour en 2026.
Exemples de calcul des IJ pour un auto-entrepreneur
Exemple n°1 : un auto-entrepreneur affilié à la sécurité sociale des indépendants (régime général) génère un RAAM en 2026 de 3 500 €. Le RAAM du micro-entrepreneur est en dessous de 10 % du PASS des 3 années précédentes représentant le montant minimum pour percevoir des IJ. Par conséquent, ce dernier ne touchera pas d’indemnités journalières, sauf s’il a payé une cotisation minimale à sa demande.
Exemple n°2 : un auto-entrepreneur est affilié à la Cipav et exerce une activité libérale réglementée. Les règles de calcul des IJ sont les mêmes que celles applicables au régime général. Cet entrepreneur génère un RAAM de 41 000 €. Les IJ seront de 56,16 € par jour d’après le calcul suivant : 41 000/730
Démarches à effectuer pendant l'arrêt maladie
Pour bénéficier d’indemnités journalières en cas d’arrêt maladie, un micro-entrepreneur doit :
faire parvenir les volets 1 et 2 de l’arrêt de travail établi par le médecin dans les 48h auprès de la CPAM auquel il est rattaché, sauf si le médecin dépose l’arrêt de travail sur le téléservice de transmission en ligne des arrêts de travail avec l’accord du micro-entrepreneur ;
conserver le volet 3 ou le transmettre à France Travail (anciennement Pôle emploi) si ce dernier bénéficie de l’allocation des travailleurs indépendants (ATI).
Pour rappel, le versement des IJ impose au micro-entrepreneur de respecter les heures de présence obligatoire à domicile et avertir dans les 48 heures la CPAM en cas de reprise anticipée de l’activité.
Différences d’indemnités entre types d'activités
Commerçants, artisans
Les commerçants et artisans micro-entrepreneurs sont obligatoirement affiliés à la Sécurité sociale des indépendants (SSI), c’est-à-dire au régime général. De ce fait, c’est la CPAM qui s’occupe de traiter leur demande et de verser leurs IJ.
Par exemple - sur la base d’un revenu mensuel moyen de 1 500 € - les règles d’indemnisation en cas d’arrêt maladie sont globalement similaires pour les micro-entrepreneurs, quel que soit leur type d’activité.
Un micro-entrepreneur commerçant ou artisan, affilié à la Sécurité sociale des indépendants et indemnisé par la CPAM, percevra une indemnité journalière calculée à partir de son revenu annuel déclaré. Avec 1 500 € par mois, soit environ 18 000 € par an, l’indemnité journalière correspond en moyenne à 50 % du revenu journalier, ce qui représente dans les 25 € par jour (revenu annuel moyen 18 000 € / 730 = 24,6 €) après application du délai de carence de trois jours.
Professions libérales
Parmi les professions libérales, il faut faire une distinction entre les professions libérales réglementées (ex. : architecte, psychologue…) et les professions libérales non réglementées (ex. : développeur web).
Une liste limitative de professions libérales réglementées est obligatoirement rattachée à la Cipav. Depuis 2021, un micro-entrepreneur affilié à la Cipav peut percevoir des IJ en cas d’arrêt maladie.
Pour les professions libérales non réglementées, 2 cas de figure sont à distinguer :
pour les travailleurs indépendants ayant créé leur auto-entreprise après le 1er janvier 2018, ces derniers sont rattachés à la SSI ;
avec un début d’activité avant le 1er janvier 2018, les micro-entrepreneurs libéraux sont rattachés à la Cipav si ces derniers n’ont pas fait de demande de rattachement au régime général avant le 31 décembre 2023.
Pour un micro-entrepreneur exerçant une profession libérale et affilié au régime général, le calcul de l’indemnité journalière est le même que celui appliqué pour les autres activités (artisan, commerçant). À revenu égal, il n’existe donc pas de différence notable concernant le montant des indemnités versées.
Salariés auto-entrepreneurs
Il est possible de cumuler une activité en auto-entreprise et une activité salariale. Si l’activité en micro-entreprise est exercée à titre principale, le micro-entrepreneur sera couvert par l’organisme de rattachement (SSI ou Cipav) au titre de cette activité.
Si l’activité en auto-entreprise est exercée à titre complémentaire, ce sont uniquement les revenus salariaux qui seront pris en compte pour le calcul et le versement des IJ.
Dans ce dernier cas, voici les conditions à respecter pour être indemnisé en arrêt maladie en tant que salarié :
Pour un arrêt de moins de 6 mois, il faut soit avoir travaillé au moins 150 heures en tant que salarié au cours des 3 mois précédents, soit avoir cotisé sur un revenu équivalent à au moins 1 015 fois le montant du Smic horaire sur les 6 derniers mois.
Pour un arrêt de plus de 6 mois, il faut être affilié à l’Assurance maladie depuis au moins un an et avoir travaillé au moins 600 heures au cours des 12 derniers mois, ou avoir cotisé sur un revenu d’au moins 2 030 fois le montant du Smic horaire sur cette même période.
Pour un auto-entrepreneur qui est principalement salarié et qui perçoit un salaire mensuel de 1 500 €, l’indemnisation en cas d’arrêt maladie repose en priorité sur l’activité salariée. L’indemnité journalière est alors calculée sur la base du salaire et atteint, là encore, environ 25 € par jour (50 % du salaire journalier).
Pourquoi le portage salarial est intéressant dans le cadre de l’arrêt maladie ?
Le portage salarial permet de bénéficier de la même protection santé qu’un salarié. Le calcul des IJ est le suivant : 50 % du salaire journalier moyen, c’est-à-dire la moitié des revenus perçus au cours des 3 derniers mois.
Le salarié porté devra informer dans les plus brefs délais la société de portage salarial de son arrêt maladie. Ce sera la société de portage salariale qui se chargera par la suite de transmettre l’arrêt maladie à la CPAM.
De même, le portage salarial permet de bénéficier d’une mutuelle d’entreprise ainsi que d’une prévoyance. C’est notamment le cas avec la société de portage salarial Jump qui propose une mutuelle d’entreprise ainsi qu’une prévoyance à ses salariés portés auprès de son partenaire Alan.
Pour aller plus loin
Si vous souhaitez en savoir plus sur les avantages du portage salarial en cas d'arrêt maladie, venez participer à l'une de nos présentations Jump en ligne. Nous répondrons à toutes vos questions.
FAQ
Comment se déroule un arrêt maladie pour un auto-entrepreneur ?
Un arrêt maladie pour un auto-entrepreneur est indemnisé à partir du 4e jour d’arrêt et lorsque l’arrêt prescrit par le médecin présente une durée de plus 7 jours ou fait l’objet d’une hospitalisation.
Où envoyer son arrêt de travail quand on est auto-entrepreneur ?
L’auto-entrepreneur doit envoyer son arrêt de travail à la CPAM auquel il est rattaché, en ligne ou par courrier dans les 48 heures suivant la prescription de l’arrêt de travail.
Comment sont calculées les indemnités journalières pour un auto-entrepreneur ?
Les indemnités journalières sont calculées en fonction des revenus moyens annuels générés au cours des 3 dernières années d’activité (RAAM). Le calcul appliqué est le suivant : 1/730 X RAAM.
Quelle est la durée maximale d'un arrêt maladie ?
La durée maximale d’un arrêt maladie indemnisé dépend de l’organisme de rattachement. Au régime général, la durée maximale peut s’étendre jusqu’à 3 ans pour une affection longue durée (ALD) ou des soins longue durée (SLD). La durée maximale d’indemnisation est de 87 jours pour les micro-entrepreneurs affiliés à la Cipav.
Est-ce que les indemnités journalières pour un arrêt maladie sont imposables en micro-entreprise ?
Non, l’auto‑entrepreneur en arrêt maladie ne doit pas déclarer les indemnités journalières (IJ) versées par la CPAM dans ses revenus fiscaux.
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