Arrêt Maladie Salarié ou Entrepreneur : Vos Droits

Arrêt maladie : Le Guide

Par Audrey Roy

Audrey Roy est diplômée d'un master II en droit de l'entreprise.

Publié le 1/20/2026 - Mis à jour le 1/21/2026

L'arrêt maladie permet de justifier une période d'incapacité de travail par un médecin, pouvant donner droit à des indemnités journalières (IJ) versées par l'Assurance Maladie. Les conditions d'éligibilité et le calcul des IJ diffèrent entre les salariés (basé sur les salaires bruts récents et les heures travaillées) et les entrepreneurs (basé sur les revenus d'activité annuels moyens et le versement des cotisations sociales à jour).

Un délai de carence de 3 jours s'applique généralement avant le versement des IJ. Pour les salariés, des indemnités complémentaires de l'employeur (souvent prévues par la convention collective) peuvent compléter les IJ, permettant parfois d'atteindre 100% du salaire, notamment grâce à des contrats de prévoyance. Le respect des délais de 48 heures pour la déclaration de l'arrêt est crucial pour éviter des pénalités.

Comment bénéficier d’un arrêt maladie ?

Pour quels motifs peut-on bénéficier d’un arrêt maladie ?

Un arrêt maladie est une période durant laquelle un salarié ou un travailleur indépendant est dans l'incapacité physique ou mentale d'exercer son activité professionnelle en raison d'une maladie ou d'un accident non professionnel. Le motif principal est donc l'état de santé du travailleur, constaté par un médecin.

Le médecin délivre un certificat médical qui atteste de l'incapacité de travail et de la durée prévisible de l'arrêt. Il peut s'agir de maladies courantes (grippe, angine), de maladies plus graves, d'accidents domestiques, ou de problèmes de santé mentale (dépression, burn-out).

À noter

L'arrêt maladie doit être justifié par un médecin. Un arrêt de complaisance ou une absence non justifiée peut entraîner des sanctions pour le salarié et un refus d'indemnisation. De même, un faux arrêt maladie expose son auteur à des poursuites judiciaires pour faux, usage de faux et escroquerie. A minima, l’auteur de ce délit devra rembourser les indemnités perçues à tort et possiblement payer des pénalités financières à hauteur de 3 fois le montant du préjudice.

Les conditions à remplir pour bénéficier d’un arrêt maladie en tant que salarié et en tant qu'entrepreneur

Les conditions pour bénéficier d'un arrêt maladie et des indemnités journalières (IJ) de la Sécurité sociale varient selon le statut professionnel.

En tant que salarié

Pour avoir droit aux indemnités journalières de l'assurance maladie, le salarié doit remplir des conditions d'affiliation et de durée de travail ou de cotisations à la Sécurité sociale.

Conditions d'affiliation : être affilié à la Sécurité sociale.

Conditions de durée de travail ou de cotisations : Pour un arrêt de travail de moins de 6 mois : avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois civils ou des 90 jours précédant l'arrêt, ou avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 mois civils précédant l'arrêt.

Pour un arrêt de travail de plus de 6 mois (maladie de longue durée) : avoir été affilié à la Sécurité sociale depuis au moins 12 mois à la date de l'arrêt, et avoir travaillé au moins 600 heures au cours des 12 mois civils ou des 365 jours précédant l'arrêt, ou avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 2 030 fois le SMIC horaire au cours des 12 mois civils précédant l'arrêt.

En tant qu'entrepreneur (travailleur indépendant)

Les travailleurs indépendants (artisans, commerçants, professions libérales non réglementées) sont également couverts par l'assurance maladie-maternité du régime général de la Sécurité sociale.

Conditions d'affiliation : être affilié à la Sécurité sociale en tant que travailleur indépendant.

Conditions de durée d'activité ou de cotisations : avoir été affilié à la Sécurité sociale pendant au moins 12 mois continus en tant que travailleur indépendant et être à jour de ses cotisations sociales. Le droit aux IJ est ouvert si l'activité a donné lieu à une cotisation annuelle minimale (environ 4 580 € par an).

À noter

Les conditions de versement et le montant des IJ peuvent varier selon le statut juridique de l’entrepreneur. Nous vous conseillons de vérifier votre situation auprès de l'Assurance Maladie (Ameli.fr).

Comment sont calculées les indemnités d’arrêt maladie ?

Les indemnités journalières (IJ) sont versées par l'Assurance Maladie pour compenser la perte de revenu due à l'arrêt de travail.

Calcul des indemnités journalières pour un salarié

Les IJ pour un salarié sont calculées à partir du salaire journalier de base (SJB).

Voici le calcul à effectuer pour estimer vos IJ :

Détermination du SJB : le SJB est calculé sur la base des trois derniers salaires bruts perçus avant l'arrêt de travail, divisé par 91,25 (pour un salaire mensuel). Pour les activités non continues ou saisonnières, le calcul peut se faire sur les 12 derniers mois.

Montant des IJ : les IJ représentent 50 % du SJB. Ce montant est plafonné à 1,4 fois le SMIC mensuel brut (soit 41,95 € bruts en 2026).

À noter

Le salaire pris en compte pour le calcul est le salaire brut, dans la limite d'un plafond (1,4 fois le SMIC mensuel). Seules les primes et heures supplémentaires soumises aux cotisations sociales peuvent être prises en compte dans le calcul du SJB.

Calcul des indemnités journalières pour un entrepreneur

Pour les travailleurs indépendants, le calcul des IJ est basé sur le revenu d'activité annuel moyen des trois dernières années civiles précédant l'arrêt de travail.

Pour l’arrêt maladie chez les auto-entrepreneurs, le revenu annuel est obtenu en appliquant un abattement forfaitaire au chiffre d’affaires : 71 % pour la vente (BIC), 50 % pour les prestations BIC et 34 % pour les BNC.

Concrètement, voici les éléments de calcul pour estimer le montant des indemnités :

Détermination du revenu annuel moyen : Ce revenu (pris en compte dans la limite de 144 180 € par an) est celui qui a servi de base au calcul des cotisations sociales.

Montant des IJ : Les IJ représentent 1/730 ème de ce revenu annuel moyen, avec un montant plafonné (197,51 € par jour en 2026).

Attention

Si le travailleur indépendant a un revenu annuel moyen inférieur à 10 % de la moyenne des valeurs annuelles du plafond de la sécurité sociale (Pass) - soit 4 582 € pour un arrêt de travail en 2026 - ce dernier ne pourra pas bénéficier des IJ.

Quelles sont les différences entre les indemnités journalières d’un salarié et d’un entrepreneur ?

Les principales différences résident dans :

La base de calcul : les derniers salaires bruts pour les salariés, les revenus d'activité annuels moyens des 3 dernières années pour les indépendants.

Le taux de remplacement : 50 % du SJB pour les salariés, 1/730 ème du revenu annuel moyen pour les indépendants (ex. : avec un revenu moyen de 21 900 €, l’indemnité journalière s’élève à 30 € par jour, soit 21 900/730).

Les conditions d'ouverture de droits : basées sur les heures travaillées ou les cotisations pour les salariés, sur l'affiliation et les cotisations à jour pour les indépendants.

Les démarches pour déclarer un arrêt maladie

Les démarches pour déclarer un arrêt maladie en tant que salarié

Consultation médicale : le salarié consulte un médecin qui établit un avis d'arrêt de travail (formulaire Cerfa S3116).

Envoi à l'Assurance Maladie : le salarié dispose de 48 heures pour envoyer les volets 1 et 2 de l'avis d'arrêt de travail à sa Caisse Primaire d'Assurance Maladie (CPAM).

Envoi à l'employeur : le salarié doit également envoyer le volet 3 à son employeur dans les 48 heures.

Transmission par l'employeur : l'employeur transmet une attestation de salaire à la CPAM pour permettre le calcul des IJ.

À noter

Le médecin peut également télétransmettre le volet 1 et 2 à la CPAM, en ligne. Dans ce cas, le salarié a uniquement l’obligation de transmettre le volet 3 de son arrêt maladie à son employeur.

Les démarches pour déclarer un arrêt maladie en tant qu'entrepreneur

Consultation médicale : l'entrepreneur consulte un médecin qui établit un avis d'arrêt de travail.

Envoi à l'Assurance Maladie : l'entrepreneur dispose de 48 heures pour envoyer les volets 1 et 2 de l'avis d'arrêt de travail à sa CPAM.

À noter

Les travailleurs indépendants n'ont pas d'employeur à prévenir, mais doivent s'assurer que leurs cotisations sont à jour pour bénéficier des IJ.

FAQ

Quel est le délai pour toucher les indemnités journalières lors d’un arrêt maladie ?

Il existe un délai de carence de 3 jours pour le versement des indemnités journalières de l'Assurance Maladie. Cela signifie que les IJ ne sont versées qu'à partir du 4ème jour d'arrêt de travail.

À noter : Certaines conventions collectives ou accords d'entreprise peuvent prévoir une prise en charge du salaire dès le premier jour d'arrêt, ou une réduction du délai de carence par l'employeur.

En quoi consiste les indemnités complémentaires versées par l’employeur et qui peut en bénéficier ?

En plus des indemnités journalières de la Sécurité sociale, de nombreux salariés peuvent bénéficier d'indemnités complémentaires versées par leur employeur. Ce maintien de salaire est souvent prévu par la loi (loi de mensualisation), la convention collective, un accord d'entreprise ou le contrat de travail.

Pour bénéficier de ces indemnités complémentaires, le salarié doit généralement remplir les conditions suivantes (article L. 1226-1 du Code du travail) :

- Avoir au moins 1 an d'ancienneté dans l'entreprise (condition légale, les conventions collectives peuvent prévoir moins).

- Avoir transmis son arrêt de travail à l'employeur dans les délais.

- Être pris en charge par la Sécurité sociale (percevoir les IJ).

- Être soigné sur le territoire français ou dans l'un des pays de l'Espace Économique Européen.

Le montant et la durée de ces indemnités complémentaires varient selon l'ancienneté du salarié et les dispositions conventionnelles. La loi de mensualisation prévoit un maintien de salaire progressif après un délai de carence de 7 jours : 90% du salaire brut pendant les 30 premiers jours, puis 66,66% pendant les 30 jours suivants, avec une augmentation de la durée d'indemnisation en fonction de l'ancienneté.

Est-il possible d’être en arrêt maladie et d’être payé à 100% de son salaire ?

Oui, il est possible d'être en arrêt maladie et d'être payé à 100% de son salaire, mais cela dépend de plusieurs facteurs :

- Maintien de salaire par l'employeur : grâce aux indemnités complémentaires versées par l'employeur, combinées aux IJ de la Sécurité sociale, le salarié peut atteindre 100% de son salaire net (ou brut, selon les conventions) pendant une certaine durée. C'est souvent le cas pour les salariés ayant une ancienneté suffisante.

- Prévoyance collective : certaines entreprises ont souscrit des contrats de prévoyance collective qui complètent le maintien de salaire par l'employeur et les IJ de la Sécurité sociale. Cela peut permettre d'atteindre 100% du salaire net pendant une période plus longue.

- Arrêt de travail pour accident du travail ou maladie professionnelle : dans ces cas, les IJ de la Sécurité sociale sont généralement plus élevées (60 % du SJB les 28 premiers jours, puis 80 % au-delà). De plus, le maintien de salaire par l'employeur est souvent plus favorable, permettant plus facilement d'atteindre 100% du salaire.

À noter : Le paiement à 100% du salaire net est l'objectif de nombreux dispositifs, mais il n'est pas automatique et dépend des conditions d'ancienneté, de la convention collective et des contrats de prévoyance.