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Arrêt Maladie : Mode d’Emploi

Arrêt Maladie : Mode d’Emploi

Par Emma Proust

Emma Proust est diplômée d'un Master II en droit de la propriété intellectuelle et management.

Publié le 4/11/2026 - Mis à jour le 4/17/2026

Un arrêt de travail n’est pas simplement un document remis par le médecin. Il constitue à la fois un constat médical attestant de votre incapacité temporaire à exercer à travailler, et un événement juridique qui suspend votre contrat de travail dans le privé ou votre statut dans la fonction publique, avec des implications précises sur la rémunération, les congés et les conditions de reprise.

La procédure : déclarer son arrêt de travail en 48 h chrono

Prévenir sa caisse d’assurance maladie et son employeur

L’avis d’arrêt de travail pour maladie est composé de trois volets :

Volet 1 : pour le service médical de votre caisse d’assurance maladie ; 

Volet 2 : pour le service administratif de votre caisse d’assurance maladie ; 

Volet 3 : pour votre employeur.

Deux cas de figure peuvent alors se présenter : 

Votre médecin transmet les volets 1 et 2 au service concerné et vous remet le volet 3. Vous avez alors 48h pour l’envoyer à votre employeur (cas le plus fréquent). 

Votre médecin vous remet les 3 volets. Vous avez alors 48h pour envoyer le volet 1 et 2 aux services concernés et le volet 3 à votre employeur. 

Bon à savoir

L’envoi doit se faire dans les 48h maximum suivant la date d’interruption de travail. Si vous l’envoyez par voie postale, il est recommandé d’envoyer celui-ci via une lettre suivie ou recommandée avec accusé de réception. 

Un premier retard entraîne un rappel, un second peut réduire vos indemnités, et sans envoi final, vous risquez de ne pas être indemnisé du tout. En cas d’impossibilité de respecter ce délai (hospitalisation, etc.), pensez à joindre un justificatif.

Pour les fonctionnaires la règle est la même, l’agent doit transmettre son avis d’arrêt à son administration dans les 48 heures suivant son établissement. 

Arrêt dématérialisé : que devez-vous encore faire ?

Dans la plupart des cas, le médecin transmet l’arrêt de travail par voie électronique à la caisse d’assurance maladie.

Concrètement :

vous n’avez plus à poster le volet “caisse” ;

vous restez en revanche tenu de prévenir votre employeur / administration (par mail, courrier, dépôt du volet employeur, etc.) ;

vous pouvez vérifier la prise en compte de l’arrêt dans votre espace Ameli/MSA ;

en cas de doute, vous contactez votre caisse (référence : date d’arrêt et nom du médecin).

Même en cas de télétransmission, gardez toujours une copie ou une preuve de l’arrêt : c’est votre “parachute” en cas de contestation ou de contrôle.

Rémunération : combien allez-vous toucher durant votre arrêt de travail ?

Pendant un arrêt, votre revenu peut provenir de plusieurs sources. 

Les indemnités journalières (IJSS) de la Sécurité sociale

1. Conditions pour y avoir droit

Les IJSS maladie sont versées si vous remplissez plusieurs conditions, notamment :

être affilié au bon régime (général, agricole, etc.) ;

avoir effectué, sur une période de référence, un certain volume de travail ou de cotisations ;

être en incapacité physique, constatée par un médecin, de continuer ou de reprendre le travail.

Les seuils précis (nombre d’heures, somme de salaire) varient selon votre régime et votre situation. Pour un cas concret, il est préférable d’utiliser les simulateurs de votre caisse ou de contacter un conseiller.

2. Quand les IJ commencent-elles ? Le délai de carence

Dans le régime général, l’assurance maladie applique un délai de carence. Les IJ ne sont versées qu’à partir du 4ᵉ jour d’arrêt. Les 3 premiers jours restent, en principe, non indemnisés par la Sécurité sociale.

Ce délai peut ne pas se répéter pour chaque arrêt, lorsque vous souffrez de la même affection sur une période donnée. Il existe aussi des règles spécifiques pour les accidents du travail, les maladies professionnelles ou certaines situations particulières (épidémies, régimes spéciaux, etc.).

3. Pendant combien de temps ?

En maladie “classique” (hors accident du travail / maladie professionnelle, etc.), les IJSS sont plafonnées. Sur une période de 3 ans, vous ne pouvez pas percevoir plus qu’un certain nombre d’IJ (360 jours, en règle générale). Au-delà, soit vous reprenez le travail, soit un autre régime prend le relais (invalidité, etc.).

Les IJ sont dues pour chaque jour calendaire d'interruption de travail (cela inclut le samedi et le dimanche).

Bon à savoir

En cas d’ALD (Maladie grave et/ou chronique ouvrant droit à une prise en charge à 100 % par l'assurance maladie), les indemnités journalières sont versées jusqu’à 3 ans. Ce délai peut être renouvelé si vous avez travaillé au moins un an entre deux arrêts. 

4. Montant des IJ : ordre de grandeur

Le montant de vos IJSS est calculé à partir de vos salaires bruts antérieurs, dans la limite d’un plafond de la Sécurité sociale. 

Le montant des indemnités journalières correspond à 50 % du salaire journalier de base, calculé à partir des 3 derniers salaires bruts avant l’arrêt, divisés par 91,25. 

Le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 fois le Smic en vigueur au dernier jour du mois précédent l’arrêt, soit 2 552,25 € par mois en 2026. 

Ainsi, le montant des IJ ne peut pas dépasser 41,95 € bruts par jour. Pour les arrêts commencés avant le 1ᵉʳ avril 2025, l’ancien plafond de 1,8 fois le Smic reste applicable.

Exemple : Si vous avez perçu 2 400 € brut par mois au cours des 3 mois précédant votre arrêt, le calcul se fait ainsi :

Salaire brut des 3 derniers mois = 2 400 × 3 = 7 200 €

Salaire journalier de base = 7 200 ÷ 91,25 ≈ 78,91 €

IJ = 50 % du salaire journalier de base → 78,91 × 50 % ≈ 39,45 € par jour

Le maintien de salaire par l’employeur

1. Salariés du privé : indemnité complémentaire

En plus des IJSS, vous pouvez percevoir un complément de salaire de votre employeur. 

Pour en bénéficier certaines conditions doivent être respectées : 

avoir au moins un an d’ancienneté, 

avoir transmis le certificat médical dans les 48 heures, 

être affilié à un régime de Sécurité sociale donnant droit aux indemnités journalières,

être soigné en France ou dans l’EEE, 

et ne pas relever d’un statut particulier comme salarié saisonnier ou intermittent. 

Le versement effectif des IJ de la Sécurité sociale n’est pas un préalable : ces indemnités servent uniquement de base pour calculer le complément de l’employeur.

Un délai de carence de 7 jours s’applique pour chaque arrêt classique. Pour un arrêt lié à un accident du travail ou une maladie professionnelle, les indemnités commencent dès le premier jour.

La durée de versement dépend de l’ancienneté, avec une répartition progressive : 90 % du salaire brut pendant la première moitié de la période, puis 66,66 % pour la seconde moitié. 

Le montant versé par l’employeur est calculé en complément des IJ versées par la Sécurité sociale. Par exemple, si votre salaire mensuel brut est de 2 500 € et que vos IJ représentent 32 € par jour, l’employeur pourra compléter votre rémunération afin d’atteindre 90 % de votre salaire habituel pour les premiers jours de versement.

2. Agents publics : plein traitement, demi-traitement

Pour les fonctionnaires, les règles sont différentes : on parle de congés de maladie avec maintien du traitement dans certaines limites :

congé de maladie ordinaire : plein traitement pendant une certaine durée, puis demi-traitement ;

congé de longue maladie ou longue durée : régime spécifique, généralement plus protecteur mais plus encadré ;

règles précises fixées par les décrets statutaires de chaque fonction publique.

Là encore, il faut se référer à votre statut (État, territorial, hospitalier) et au décret applicable pour connaître “vos” chiffres.

Bon à savoir

Chaque arrêt de travail fait l'objet d'un jour de carence non rémunéré.

Droits et obligations durant l’arrêt de travail : ce qui est permis (ou non)

Les heures de sortie autorisées

Un arrêt de travail ne vous donne pas un “congé” libre.

Le médecin doit cocher, sur l’arrêt, l’un des régimes suivants :

Sorties interdites : vous devez rester à votre domicile ;

Sorties autorisées avec présence obligatoire : vous pouvez sortir, mais vous devez être présent à votre domicile de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, y compris les samedis, dimanches et jours fériés. Vous pouvez vous absenter pendant ces plages uniquement pour des soins ou examens médicaux. 

Sorties libres : le médecin peut, par dérogation, vous autoriser des sorties libres si votre état le justifie. Il doit alors motiver cette dérogation sur l’arrêt.

Le médecin peut aussi préciser si certaines activités en dehors du domicile sont autorisées (par exemple, marcher, participer à une activité douce, etc.).

En cas de contrôle (médecin-conseil, médecin mandaté par l’employeur), si vous n’êtes pas là alors que vous auriez dû l’être, ou si vous refusez le contrôle, la caisse peut suspendre vos IJ pour la période concernée.

Peut-on quitter son département ou voyager pendant l’arrêt ?

Pendant un arrêt maladie, vos déplacements doivent rester compatibles avec votre état de santé. Votre médecin peut, par exemple, prescrire une convalescence hors de votre domicile si cela est justifié. 

Si vous restez dans votre département de résidence, vous n’avez pas besoin d’autorisation particulière. Vous devez cependant informer votre Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) et votre employeur, en indiquant l’adresse de votre lieu de séjour sur le volet de l’arrêt transmis par le médecin. 

En revanche, pour un séjour hors de votre département, vous devez obtenir l’accord préalable de votre CPAM. Il est recommandé de faire la demande au moins 15 jours avant le départ, en précisant les dates et l’adresse de votre lieu de résidence temporaire.

Attention cependant : vos indemnités journalières peuvent être suspendues si le pays de destination ne fait pas partie de l’Union européenne ou n’est pas lié à la France par une convention de sécurité sociale permettant le maintien des IJ.

Congés payés et arrêt maladie : cumuler, perdre ou reporter ?

En pratique il faut distinguer : 

Vous tombez malade avant vos congés : vous avez droit au report de vos congés payés après la date de reprise du travail. Les congés payés acquis mais non pris ne sont donc pas perdus.

Vous tombez malade pendant vos congés : vous pouvez demander le report des jours de congés qui coïncident avec le congé de maladie.

De plus, peuvent bénéficier d'une période de report de 15 mois :

Les congés payés non pris du fait d'un arrêt de travail ; 

Les congés payés acquis pendant un arrêt de travail couvrant toute la période de référence.

Bon à savoir

En effet, depuis le 24 avril 2024, un salarié en arrêt de travail est en droit d’acquérir des congés payés pendant sa période d’arrêt (dans la limite de 2 jours ouvrables par mois). 

Fin de l’arrêt de travail : la reprise du travail

Il existe deux temps forts avec le médecin du travail : la visite de pré-reprise (optionnelle mais très utile dans les arrêts longs) et la visite de reprise (obligatoire dans certains cas).

La visite de pré-reprise

Tout salarié en arrêt de travail de plus de 30 jours peut demander une visite de pré-reprise.

Cela devient une obligation en revanche pour tout salarié absent pour cause de maladie ou d’accident non professionnel de plus de 60 jours.

Cette visite a lieu avant la fin de l’arrêt de travail. Une visite de reprise du travail sera réalisée à la suite de l’arrêt.

Bon à savoir

Pour les arrêts de plus de 30 jours (dont la durée a été continue ou discontinue), un rendez-vous de liaison peut être mis en place entre le salarié et l'employeur. C’est facultatif (à l'initiative du salarié ou de l’employeur).

La visite de reprise obligatoire

Au retour de certains arrêts, l’employeur (ou l’administration) a l’obligation d’organiser une visite de reprise :

après une maladie professionnelle ;

après un accident du travail avec au moins 30 jours d’absence ;

après une maladie ou un accident non professionnel avec au moins 60 jours d’absence.

Dans ces situations, l’employeur doit saisir le service de santé au travail dès qu’il connaît la date de la fin de l’arrêt, afin que la visite ait lieu le jour de la reprise, ou au plus tard dans les 8 jours qui suivent.

Objet de la visite de reprise :

vérifier que votre état de santé est compatible avec votre poste ;

examiner, le cas échéant, les propositions d’aménagement ou de reclassement ;

si nécessaire, émettre un avis d’inaptitude, ce qui ouvre un régime spécifique. 

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