Tout sur le contrôle fiscal d’une micro-entreprise
Marion Gobourg est diplômée d'un Master II en droit des affaires et fiscalité.
En bref
- Un auto-entrepreneur peut faire l’objet d’un contrôle fiscal à tout moment, même plusieurs années après ses déclarations.
- Le contrôle vise principalement à vérifier le chiffre d’affaires déclaré, le respect des seuils de la micro-entreprise et la cohérence entre les revenus et l'activité.
- Il existe deux types de contrôle : le contrôle sur pièces (à distance) et le contrôle fiscal externe (plus approfondi).
- Vous devez être en mesure de fournir des justificatifs, notamment : vos factures, votre livre des recettes et vos relevés bancaires.
- En cas d’erreur, l’administration peut appliquer un redressement fiscal et des majorations d'impôt et des intérêts de retard.
- Une gestion rigoureuse et transparente reste la meilleure protection face à un contrôle fiscal.
Contrôle fiscal d’un auto-entrepreneur : c’est quoi ?
Le contrôle fiscal d’une micro-entreprise est le même que pour un entrepreneur. Il sert à vérifier que sa comptabilité est à jour et que ses déclarations fiscales (déclaration de revenus et déclaration de TVA) sont correctes.
À noter :
L’auto-entrepreneur peut faire l’objet de deux contrôles différents : le contrôle de l’URSSAF d’une micro-entreprise et le contrôle fiscal de l’administration fiscale.
Lorsque vous faites l’objet d’un contrôle de l’URSSAF, celle-ci se contente de vérifier si vous avez bien déclaré votre chiffre d’affaires et payé vos cotisations sociales.
Quant au contrôle fiscal effectué par la Direction générale des finances publiques (DGFiP), il sert à examiner vos déclarations fiscales et le respect de vos obligations comptables. Il peut prendre deux formes : sur pièces (à distance) ou sur place.
En cas d’erreurs ou de manquements de l’auto-entrepreneur, il peut aboutir à un redressement fiscal.
Rappel des obligations comptables d’un auto-entrepreneur
En tant qu’auto-entrepreneur, vous bénéficiez d’une comptabilité simplifiée.
Votre principale obligation comptable est de tenir un livre des recettes comportant :
la nature de la prestation ;
le montant ;
le mode de règlement ;
le numéro de la facture ;
la date d’encaissement.
Le livre des recettes doit être tenu de manière chronologique.
À noter :
Pensez à conserver tous vos justificatifs comptables pendant dix ans : factures, devis, bons d’achat, etc.
De plus, il vous faut respecter les règles de facturation (notamment les mentions obligatoires telles que les coordonnées du client, le détail des produits ou prestations, etc.) et, déclarer et payer la TVA si vous n’êtes pas sous la franchise en base de TVA.
En effet, vous avez l’obligation de remettre des factures à tous vos clients professionnels et dans les cas suivants à vos clients particuliers :
prestation supérieure à 25 euros ;
à la demande du client ;
vente à distance et livraison intracommunautaire exonérée de TVA.
Si vous exercez une activité d’achat-vente, vous devez également tenir un registre des achats.
Par ailleurs, vous avez l’obligation d’ouvrir un compte bancaire dédié à votre activité d'auto-entrepreneur dès que votre chiffre d’affaires dépasse 10 000 euros pendant deux années consécutives.
Déclencheurs d’un contrôle fiscal en micro-entreprise
Le contrôle fiscal d’un auto-entrepreneur peut être déclenché suite à une dénonciation, à des déclarations, à une variation importante de revenus ou lors du constat d’erreurs ou d’incohérences dans les déclarations.
Bon à savoir :
Votre contrôle fiscal peut également être dû au hasard !
Période de rétroactivité d’un contrôle fiscal
Le contrôle fiscal de l’auto-entrepreneur peut porter sur :
votre chiffre d’affaires et le respect du plafond du statut de la micro-entreprise ;
vos déclarations et paiements de TVA lorsque vous êtes redevable ;
vos opérations sur le compte bancaire de la micro-entreprise ;
votre comptabilité d’auto-entreprise.
Toutefois, l’administration fiscale ne peut pas vérifier vos opérations au-delà d’une certaine période. Il s’agit du délai de reprise.
L’administration fiscale peut remonter jusqu’à la fin de la troisième année suivant celle au titre de laquelle l’imposition est due en matière d’impôt sur le revenu. C’est le même délai pour la TVA.
Par exemple, jusqu’à la fin de l’année 2026, l’administration fiscale peut encore contrôler les années 2023, 2024 et 2025.
En revanche, le délai est d’un an pour la cotisation foncière des entreprises (CFE).
Bon à savoir :
Un contrôle fiscal peut avoir lieu après la cessation d’activité de l’auto-entrepreneur.
En effet, l’auto-entrepreneur peut subir un contrôle fiscal jusqu’à trois ans après sa fermeture.
Procédure de contrôle fiscal pour un auto-entrepreneur
Le contrôle fiscal peut prendre deux formes :
le contrôle sur pièces : l’administration se contente d’examiner vos déclarations (impôts, TVA, URSSAF). Dans ce cas, vous n’êtes au courant du contrôle que si l’administration vous adresse une demande de renseignements ou une proposition de rectification ;
le contrôle sur place : l’administration se rend dans vos locaux pour contrôler votre comptabilité et vos documents.
C’est l’avis de vérification de comptabilité qui vous indique le type du contrôle réalisé, la date du contrôle, le nom de l’inspecteur et les éléments faisant l’objet du contrôle.
Cet avis doit vous parvenir par lettre recommandée au moins 48 heures avant le début du contrôle.
Le contrôle peut avoir lieu sur plusieurs rendez-vous pour vérifier différents documents comptables que vous devrez fournir au contrôleur.
L’administration peut également vous demander des renseignements, des éclaircissements et des justifications.
À l’issue du contrôle, l’administration fiscale peut vous adresser un avis de rectification. Dans ce cas, vous faites l’objet d’une procédure de redressement fiscal.
C’est le cas lorsque l’administration constate que l’impôt dû est supérieur à l’impôt que vous avez payé. Vous disposez alors de 30 jours pour répondre à l’administration. Celle-ci examinera vos arguments pour maintenir ou non sa décision. Il est également possible de saisir une commission départementale pour trancher le litige.
En revanche, vous recevez un avis d’absence de redressement si vous êtes en règle.
L’administration ne pourra plus effectuer de contrôle sur les périodes examinées.
Conséquences en cas de fraude en micro-entreprise
En cas de redressement, vous risquez :
10 % de pénalité et 0,2 % d’intérêt par mois de retard lorsque vous devez payer un supplément d’imposition lors d’une erreur involontaire (par exemple, vous vous êtes trompé ou avez oublié involontairement un élément lors de votre déclaration) ;
une majoration de l’impôt de 40 % en cas d’erreur volontaire sans que la micro-entreprise en soit directement bénéficiaire (à titre d’exemple, vous avez oublié volontairement de déclarer une certaine somme) ;
une majoration de l’impôt de 80 % en cas d’abus de droit et de manœuvres frauduleuses (vous avez essayé de tromper l’administration fiscale par exemple).
Ce sera votre bonne foi qui fera la différence entre l’erreur volontaire et involontaire.
En cas de fraude, vous pouvez aussi faire l’objet de poursuites pénales. Vous risquez alors jusqu’à cinq ans d’emprisonnement et 500 000 euros d’amende.
Comment bien se préparer à un contrôle fiscal ?
Afin que le contrôle fiscal se déroule au mieux, demeurez cordial et courtois avec l’inspecteur et fournissez-lui tous les documents qu’il demande.
Bon à savoir :
Pour vous prémunir en cas de litige, envoyez vos demandes par lettre recommandée avec accusé de réception.
Fournir tous les documents demandés par l’administration
Lors d’un contrôle fiscal, l’administration peut vous demander de transmettre différents documents pour vérifier la conformité de vos déclarations.
Par exemple :
vos documents comptables : le livre des recettes (obligatoire en micro-entreprise), le registre des achats (si activité de vente), vos factures clients et vos devis signés ;
vos documents bancaires : les relevés de votre compte bancaire dédié à l’activité et les justificatifs des encaissements (virements, chèques, plateformes) ;
vos documents fiscaux et administratifs : vos déclarations de chiffre d’affaires URSSAF, vos avis d’imposition, vos déclarations de TVA (si vous êtes concerné) et votre justificatif de déclaration d'activité ;
Cette liste n’est pas exhaustive : les documents demandés dépendent de votre activité et de votre situation.
Tenir une comptabilité rigoureuse pour éviter les erreurs
Même si la micro-entreprise bénéficie d’obligations comptables simplifiées, vous devez respecter certaines règles.
Voici les bonnes pratiques essentielles :
tenir votre livre des recettes à jour (au moins une fois par mois) : votre livre doit mentionner pour chaque encaissement : la date, le montant, le client, le mode de paiement et la référence de la facture ;
conserver toutes vos factures : vous devez conserver vos factures et autres justificatifs pendant au moins 10 ans. Veillez également à ce qu’elles comportent toutes les mentions obligatoires ;
utiliser un compte bancaire dédié : même s’il n’est obligatoire qu’au-delà de 10 000 € de chiffre d’affaires pendant deux années consécutives, un compte dédié permet de faciliter les contrôles, d’éviter les confusions entre les transactions perso/pro et de prouver plus facilement vos encaissements ;
déclarer uniquement le chiffre d’affaires réellement encaissé : une erreur fréquente consiste à déclarer le montant des factures émises au lieu des sommes réellement encaissées. En effet, en micro-entreprise, vous devez déclarer uniquement les montants payés ;
vérifier le respect des seuils de la micro-entreprise : en 2026, les seuils de la micro-entreprise s'élèvent à 77 700 € pour les services et 188 700 € pour la vente. Un dépassement peut entraîner un changement de régime. Par ailleurs, si vous profitez de la franchise en base de TVA, les seuils sont différents (37 500 € pour les services et 85 000 € pour les ventes de biens).
Différences entre le contrôle fiscal des auto-entrepreneurs et celui des sociétés ?
Un contrôle plus simple pour les auto-entrepreneurs
Le contrôle fiscal d’un auto-entrepreneur est généralement effectué à distance puisque vous avez une comptabilité simplifiée comparée à celle d’une entreprise.
L’administration fiscale peut se contenter d’examiner votre situation à partir des documents comptables qu’elle possède pour vérifier :
le chiffre d’affaires déclaré ;
les encaissements ;
le respect du régime micro ;
la TVA si applicable.
Elle a aussi la possibilité de vous demander des renseignements ou justifications supplémentaires.
En revanche, le contrôle fiscal des entreprises a généralement un périmètre plus large.
Un contrôle plus approfondi pour les sociétés
Le contrôle fiscal d'une entreprise a pour objectif d'identifier d'éventuels manquements relatifs au paiement des taxes et impôts (IS, TVA, taxes professionnelles, CFE, etc.).
Pour les sociétés (SASU, EURL, SARL…), le contrôle fiscal est plus complexe car l’administration vérifie notamment :
la comptabilité tenue : livres comptables (grand livre, journal) et comptes annuels (bilan, compte de résultat, annexe) ;
les charges déduites (si elles respectent les conditions) : frais professionnels, rémunération du dirigeant, notes de frais, justificatifs des achats, etc. ;
la TVA : TVA collectée, TVA déductible, cohérence des déclarations ;
les flux financiers : comptes bancaires, distributions de dividendes, flux entre la société et le dirigeant, origine et cohérence des encaissements et décaissements, etc. ;
la fiscalité globale : le respect des conditions d'éligibilité à un régime (option pour l'IR par exemple), les déclarations de résultat, le paiement des taxes professionnelles, etc.
Les contrôles sont donc souvent plus longs et plus techniques.
FAQ
Comment se passe un contrôle fiscal d’une micro-entreprise ?
Le contrôle fiscal d’une micro-entreprise peut se faire sur pièces, c’est-à-dire à distance. Dans ce cas, l’administration contrôle vos documents sans vous rendre visite. À l’inverse, l’administration se rend dans vos locaux avec le contrôle sur place. Il se termine par un avis de redressement ou d’absence de redressement.
Comment se déclenche un contrôle fiscal d’un auto-entrepreneur ?
Un contrôle fiscal peut provenir d’une dénonciation, du constat d’erreurs ou d’incohérences, de la découverte d’un train de vie supérieur aux revenus déclarés ou tout simplement du hasard.
Quelles sont les différences entre les contrôles sur pièces et les contrôles fiscaux externes ?
- Le contrôle sur pièces est réalisé à distance par l’administration fiscale, à partir des documents en sa possession. L’administration peut toutefois vous demander des informations complémentaires.
- Le contrôle fiscal externe, en revanche, est plus approfondi. Il se déroule dans vos locaux professionnels. Il implique une analyse complète de votre activité.
Par quels services sont réalisés les contrôles fiscaux ?
Les contrôles fiscaux sont réalisés par différents services de la Direction générale des finances publiques (DGFiP). Par exemple :
- le service des impôts des entreprises (SIE) dont les petites entreprises dépendent (pour les auto-entrepreneurs notamment) ;
- les directions spécialisées de contrôle fiscal (DIRCOFI) pour le contrôle des entreprises de taille moyenne (CA entre 1,5 M € et 152,4 M € pour les ventes et entre 0,5 M € et 76,2 M € pour les prestations) ;
- la direction des vérifications nationales et internationales (DVNI) pour les très grandes entreprises (CA supérieur à 152,4 M € pour les ventes et 76,2 M € pour les prestations de service) ;
- la direction des grandes entreprises (DGE) pour les entreprises dont le CA est supérieur à 400 M €.
Quels sont les enjeux d’un contrôle fiscal ?
Le contrôle fiscal permet à l’administration de vérifier que vous respectez vos obligations fiscales. En cas d’erreur ou d’anomalie, vous pouvez faire l’objet d’un redressement fiscal et devoir :
- des majorations d'impôt,
- des intérêts de retard.
Dans les cas les plus graves, des sanctions supplémentaires peuvent être appliquées.
Quels sont les principaux motifs de contrôle fiscal ?
Plusieurs situations peuvent déclencher un contrôle fiscal, notamment :
- des écarts entre vos déclarations et vos revenus réels ;
- des variations importantes de chiffre d’affaires ;
- un dépassement des seuils de la micro-entreprise ;
- l’absence de déclaration ;
- des incohérences détectées par l’administration ;
- ou des signalements.
Cependant, certains contrôles sont réalisés de manière aléatoire.
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